民办非企业不注销有影响。依据《民办非企业单位登记管理暂行条例》，需办理注销却未办理的，将承担法律责任，且可能影响单位法人及负责人的信用记录，甚至导致后续无法再注册相关组织。
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民办非企业应注销。操作如下：首先，确认单位是否满足注销条件；其次，成立清算组织，完成清算工作；然后，向登记管理机关提交注销申请及清算报告；最后，等待登记管理机关公告注销信息。若未注销，将面临法律风险。
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民办非企业不注销应依法办理注销手续。若单位已自行解散或需注销，应选择向登记管理机关提交注销申请，并在指导下完成清算。根据单位实际情况，选择最合适的注销方式，确保合法合规。